引言

bsub（Batch Submission）是许多高性能计算系统（HPC）中常用的作业调度工具，它允许用户将计算任务提交到队列中，由作业调度器根据系统资源情况安排执行。掌握bsub的使用对于高效完成计算任务至关重要。本文将详细介绍bsub的基本用法，帮助您轻松掌握这一实用工具。

bsub简介

bsub命令允许用户提交批处理作业，并提供了丰富的选项来定制作业的执行环境。以下是一些bsub命令的基本选项：

  • -q queue_name：指定作业要提交到的队列。
  • -J job_name：为作业指定一个名称。
  • -o output_file：指定标准输出的文件路径。
  • -e error_file：指定标准错误的文件路径。
  • -n number_of_tasks：指定作业请求的CPU核心数。
  • -R "span[hosts=1]"：指定作业在单个主机上执行。
  • -W duration：设置作业的运行时间限制。
  • -M memory：指定作业请求的内存大小。

bsub基本用法

以下是一个bsub命令的基本示例：

bsub -q queue_name -J job_name -o output_file -e error_file -n number_of_tasks -R "span[hosts=1]" -W duration -M memory /path/to/script.sh

在这个示例中，我们提交了一个名为job_name的作业到queue_name队列，作业标准输出和错误输出分别写入output_file和error_file。作业请求了number_of_tasks个CPU核心，在单个主机上执行，运行时间限制为duration，请求的内存大小为memory。/path/to/script.sh是作业要执行的脚本文件。

bsub高级用法

除了基本用法外，bsub还提供了许多高级选项，以下是一些常用的高级用法：

  • -B：后台提交作业，不等待作业完成。
  • -K：在作业完成后杀死作业。
  • -W start_time：设置作业开始执行的时间。
  • -R "rusage[mem=memory]"：指定作业对内存的使用限制。
  • -L：设置作业的日志级别。

bsub实例

以下是一个简单的bash脚本示例，用于计算斐波那契数列：

#!/bin/bash

# 计算斐波那契数列
function fibonacci {
    local n=$1
    if [ $n -le 1 ]; then
        echo $n
    else
        echo $(( $(fibonacci $((n-1))) + $(fibonacci $((n-2))) ))
    fi
}

# 计算斐波那契数列的第30项
fibonacci 30

将此脚本保存为fibonacci.sh，然后使用bsub命令提交作业：

bsub -q queue_name -J fibonacci -o fibonacci.out -e fibonacci.err -n 1 -R "span[hosts=1]" -W 10 -M 512 /path/to/fibonacci.sh

在这个示例中，我们提交了一个名为fibonacci的作业，请求1个CPU核心，在单个主机上执行，运行时间限制为10分钟，请求的内存大小为512MB。

总结

bsub是一个强大的作业调度工具，可以帮助您高效地提交和执行计算任务。通过掌握bsub的基本用法和高级选项，您可以更好地利用HPC资源，提高计算效率。希望本文能帮助您轻松掌握bsub，为您的计算研究提供便利。